Glucosamine-6-phosphate synthase de Mycobacterium tuberculosis
um estudo in silico para predição de um modelo tridimensional refinado
DOI:
https://doi.org/10.51361/somma.v7i1.49Palabras clave:
Glucosamine-6-phosphate synthase., Mycobacterium tuberculosis., Modelagem comparativa., Refinamento molecular.Resumen
A Tuberculose é uma das principais causas de morte por um agente infeccioso no mundo, segundo a Organização Mundial de Saúde. Estudos indicam que enzimas envolvidas na biossíntese de uridine diphospho-N-acetylglucosamine são essenciais para o ciclo de vida da bactéria. Uma dessas enzimas é a glucosamine-6-phosphate synthase (GlmS), que não possui estrutura tridimensional disponibilizada nos bancos de dados de proteínas na internet. Neste trabalho, métodos de bioinformática estrutural (modelagem comparativa e refinamento molecular) foram utilizados para construir um modelo tridimensional refinado para a enzima GlmS de Mycobacterium tuberculosis. O modelo foi gerado utilizando quatro estruturas moldes (cristalográficas). Os resultados obtidos para os parâmetros estereoquímicos e gerais do modelo refinado foram melhores que o modelo original e similares aos das estruturas moldes, validando o modelo refinado.
Descargas
Referencias
BERMAN, H.; HENRICK, K.; NAKAMURA, H. Announcing the worldwide Protein Data Bank. Nature Structural & Molecular Biology, [S.L.], v. 10, n. 12, p. 980-980, dez. 2003. Springer Science and Business Media LLC. http://dx.doi.org/10.1038/nsb1203-980
CHEN, V. B., ARENDALL, W. B., HEADD, J. J., KEEDY, D. A., IMMORMINO, R. M., KAPRAL, G. J., RICHARDSON, D. C. MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, v. 66, n. 1, p. 12-21, jan. 2010.
COLOVOS, C.; YEATES, T. O. Verification of protein structures: patterns of nonbonded atomic interactions. Protein Science, [S.L.], v. 2, n. 9, p. 1511-1519, set. 1993. Wiley. http://dx.doi.org/10.1002/pro.5560020916
ESWAR, N.; ERAMIAN, D.; WEBB, B.; SHEN, M.; SALI, A. Protein Structure Modeling with MODELLER. Methods in Molecular Biology, [S.L.], p. 145-159, mai, 2008. Humana Press. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-60327-058-8_8
HUANG, H. J.; YU, H. W.; CHEN, C. Y.; HSU, C. H.; CHEN, H. Y.; LEE, K. J.; CHEN, C. Y. C. Current developments of computer-aided drug design. Journal of the Taiwan Institute of Chemical Engineers, v. 41, n. 6, p. 623-635, mar. 2010.
KORTAGERE, S.; EKINS, S. Troubleshooting computational methods in drug discovery. Journal of Pharmacological And Toxicological Methods, [S.L.], v. 61, n. 2, p. 67-75, mar. 2010. Elsevier BV. http://dx.doi.org/10.1016/j.vascn.2010.02.005
KOUL, A.; ARNOULT, E.; LOUNIS, N.; GUILLEMONT, J.; ANDRIES, K. The challenge of new drug discovery for tuberculosis. Nature, [S.L.], v. 469, n. 7331, p. 483-490, jan. 2011. Springer Science and Business Media LLC. http://dx.doi.org/10.1038/nature09657
LASKOWSKI, R. A.; MACARTHUR, M. W.; MOSS, D. S.; THORNTON, J. M. PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. Journal of applied crystallography, v. 26, n. 2, p. 283-291, abr. 1993.
MORAES, G. L.; GOMES, G. C.; SOUSA, P. R. M.; ALVES, C. N.; GOVENDER, T.; KRUGER, H. G.; MAGUIRE, G. E. M.; LAMICHHANE, G.; LAMEIRA, J. Structural and functional features of enzymes of Mycobacterium tuberculosis peptidoglycan biosynthesis as targets for drug development. Tuberculosis, [S.L.], v. 95, n. 2, p. 95-111, mar. 2015. Elsevier BV. http://dx.doi.org/10.1016/j.tube.2015.01.006
MOROY, G.; MARTINY, V. Y.; VAYER, P.; VILLOUTREIX, B. O.; MITEVA, M. A. Toward in silico structure-based ADMET prediction in drug discovery. Drug Discovery Today, [S.L.], v. 17, n. 1-2, p. 44-55, jan. 2012. Elsevier BV. http://dx.doi.org/10.1016/j.drudis.2011.10.023
PETTERSEN, E. F.; GODDARD, T. D.; HUANG, C. C.; COUCH, G. S.; GREENBLATT, D. M.; MENG, E. C.; FERRIN, T. E. UCSF Chimera—a visualization system for exploratory research and analysis. Journal of computational chemistry, v. 25, n. 13, p. 1605-1612, jul. 2004.
PLÁCIDO, A.; COELHO, A.; NASCIMENTO, L. A.; VASCONCELOS, A. G.; BARROSO, M. F.; RAMOS-JESUS, J.; COSTA, V.; LIMA, F. C. A.; DELERUE-MATOS, C.; RAMOS, R. M. Cry1A(b)16 toxin from Bacillus thuringiensis: theoretical refinement of three-dimensional structure and prediction of peptides as molecular markers for detection of genetically modified organisms. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, [S.L.], v. 85, n. 7, p. 1248-1257, 18 abr. 2017. Wiley. http://dx.doi.org/10.1002/prot.25285
RANI, C.; KHAN, I. A. UDP-GlcNAc pathway: Potential target for inhibitor discovery against M. tuberculosis. European Journal of Pharmaceutical Sciences, v. 83, p. 62-70, fev. 2016.
SAYERS, E. W.; BARRETT, T.; BENSON, D. A.; BOLTON, E.; BRYANT, S. H.; CANESE, K.; CHETVERNIN, V.; CHURCH, D. M.; DICUCCIO, M.; FEDERHEN, S. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research, [S.L.], v. 39, p. D38-D51, 21 nov. 2010. Oxford University Press (OUP). http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkq1172
SHIN, W. H.; LEE, G. R.; HEO, L.; LEE, H.; SEOK, C. Prediction of protein structure and interaction by GALAXY protein modeling programs. Biodesign, v. 2, p. 1-11, mar. 2014.
SIPPL, M. J. Recognition of errors in three-dimensional structures of proteins. Proteins: Structure, Function, and Genetics, [S.L.], v. 17, n. 4, p. 355-362, dez. 1993. Wiley. http://dx.doi.org/10.1002/prot.340170404
WORLD HEALTH ORGANIZATION (WHO). Global tuberculosis report. 2020. Disponível em: https://apps.who.int/iris/handle/10665/336069. Acesso em: 11 jan. 2020.
Descargas
Publicado
Número
Sección
Licencia
Derechos de autor 2022 Wildrimak S. Pereira, Jhonatan M. S. Costa, Fábio L. C. Costa Júnior, Rômulo O. Barros, Ricardo M. Ramos
Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0.
